জাকির খানের বিরুদ্ধে হত্যাসহ ৩৩টি মামলা ছিল। সর্বশেষ ২০০৩ সালের ১৮ ফেব্রুয়ারি ব্যবসায়ী নেতা সাব্বির আলম খন্দকার হত্যাকাণ্ডের পর আত্মগোপনে চলে গিয়েছিলেন তিনি। ২০২৩ সালের ৩ সেপ্টেম্বর র্যাব-১১-এর একটি অভিযানে ঢাকার বসুন্ধরা আবাসিক এলাকা থেকে তাকে গ্রেপ্তার করা হয়।